W swoim szerokim zastosowaniu zeolit znajduje zastosowanie także w oczyszczaniu wody. Dzieje się tak za sprawą jego szkieletowej konstrukcji, dzięki której posiada unikatowe właściwości molekularno-sitowe, sorpcyjne i jonowymienne.

Najczęściej stosowanym zeolitem w efektywnym oczyszczaniu wody jest klinoptyolit. Posiada on doskonałe właściwości pod względem wymiany jonowej, adsorpcji, stabilności i trwałości struktury. Dzięki temu stał się bezkonkurencyjnym materiałem filtracyjnym, który sprawdza się w warunkach gdzie występuje duże stężenie amoniaku.

Źródłem zanieczyszczeń w oczkach wodnych i akwariach, są zwykle resztki pokarmu ryb oraz ekskrementy. Zastosowanie zeolitu w tych warunkach, zapewnia klarowanie wody oraz zapobieganie rozmnażania się glonów. Ponadto materiał ten stwarza przyjazne warunki do życia bakteriom, które żywiąc się azotami i fosforanami obniżają ich stężenie w wodzie. Brak pokarmu zaś, skutkuje eliminacją glonów. Przy stosowaniu zeolitu należy pamiętać, że najlepiej sprawdza się, wówczas gdy woda przepływa przez system filtracyjny.